Hay aproximadamente 100 comunidades indígenas en los cantones de Otavalo y Cotacachi, con la mayoría de sus habitantes perteneciendo al pueblo Kichua-Otavalo. Runa Tupari Native Travel trabaja con algunas de ellas, particularmente con las cuatros comunidades de Morochos, La Calera, Tunibamba y Santa Barbara, donde 25 familias anfitriones ofrecen hospedajes familiares para visitantes.
En nuestros tours además visitamos muchas otras comunidades y sus atractivos, por ejemplo, Peguche, por su cascada y sus talleres de artesanía, o Turuco, por su jardín etnobotánico. De esa manera las comunidades y sus familias se benefician de entradas, ventas adicionales de sus productos, tal como una apreciación de su patrimonio natural y cultural.
Adicionalmente trabajamos con algunos programas a través de nuestros programas de voluntariado. Los voluntarios participantes pasan varias semanas en una comunidad rural y viven con una familia indígena. Mientras ayudan en temas como educación, medio ambiente, comercio justo, entre otros, adoptan una vista más profunda de la vida diaria en las comunidades indígenas de la zona y las tradiciones culturales de su población.